Am un raspuns partial, dupa experienta mea .

Disputa intre cele 2 optiuni mari(Proceduri stocate si BLL – de GUI nici nu se pune problema) depinde de natura aplicatiei: Windows sau Web. Deployment-ul versiunii 2 a aplicatiei(sau modificari minore) se face mai usor:
Daca e Win – trimitind aplicatia
Daca e Web – modificind PS 

Pe deasupra, depinde daca e un produs intern sau o aplicatie dezvoltata pentru altcineva.
In primul caz, faci PS pentru rapiditate
In al doilea caz, folosesti cod in aplicatie pentru a nu depinde de BD si de administratorul de sistem